"El próximo paso de ENCODE es estudiar el comportamiento del genoma en todos los tipos celulares humanos"
coinvestigador principal del proyecto ENCODE, coordinador del Grupo de Bioinformática y Genómica del CRG y catedrático de la Universitat Pompeu Fabra
Es uno de los científicos catalanes con más reputación en todo el mundo. Ha participado en varios proyectos internacionales en el campo del análisis de la secuenciación genómica. En 1992 se mudó al Alamos National Laboratory, donde realizó una beca postdoctoral y comenzó a adentrarse en los problemas relacionados con el análisis del genoma. Desde 1994 es investigador del Instituto de Investigación Hospital del Mar (IMIM) y desde 2005 coordina el programa de Bioinformática y Genómica del Centro de Regulación Genómica (CRG) de Barcelona.
El Centro de Regulación Genómica (CRG) celebra el décimo aniversario, una efeméride que ha coincidido con la publicación de los resultados de una de las investigaciones más importantes del siglo XXI en el ámbito de las ciencias de la vida, el desciframiento del mapa del genoma humano, donde ha participado el grupo de investigación en Bioinformática y Genómica liderado por Roderic Guigó. El CRG es el único centro de investigación catalán en la primera y segunda fase de este proyecto (ENCODE) financiado por los institutos de la salud de los Estados Unidos, y el único de España que seguirá en la tercera etapa el próximo mes de diciembre.
Cataluña es la región española con más actividad en genómica. Y el CRG, con las instalaciones dentro del emblemático edificio del Parque de Investigación Biomédica de Barcelona (PRBB), es uno de los centros de referencia. La excelencia de este instituto de investigación biomédica básica se puede medir con muchos parámetros, uno de los cuales las 11 ayudas que ha recibido del Consejo Europeo de Investigación (3 Advanced y 8 Starting) los últimos años.
¿Cómo se siente unas semanas después de haber presentado los resultados del proyecto ENCODE en Londres?
(Risas) Contento de haber participado, pero es un proyecto que ya ha finalizado y ahora seguimos con otros, uno de los cuales es la continuación de ENCODE. ¡Volvemos a estar atareados como hace unas semanas atrás!
¿Qué beneficios aportarán estos estudios en la calidad de vida de la población?
Es difícil dar ejemplos específicos de qué aspectos de la vida de las personas mejorará cuando es una investigación tan básica. Te respondo de una forma más amplia: cuando conocemos cómo funcionan las cosas somos más capaces de arreglarlas. En el caso de ENCODE, si sabemos mejor cómo funcionan los seres vivos, en principio, este conocimiento nos tiene que facilitar arreglar el funcionamiento del cuerpo cuando no es el que queremos. Desde el conocimiento científico básico a una traducción aplicada, en este caso la posibilidad de desarrollar nuevas terapias o aproximaciones para las enfermedades, es un proceso que puede durar décadas.
¿Llegará un día que podremos saber si estamos predispuestos a tener determinadas enfermedades y, por lo tanto, prevenir?
En estos momentos conocemos la base genética de muchas enfermedades y sabemos que en unos casos concretos (enfermedades mendelianas) la causante de la enfermedad es una única mutación. Ya se hacen intervenciones prenatales para evitar que se desarrollen embriones que tengan estas mutaciones. Sin embargo, hay enfermedades que no están afectadas por un único gen, sino por cambios en un entorno genético más general. En este caso, no podemos predecir con certeza que el individuo sufrirá una determinada enfermedad, pero podemos estimar si la probabilidad que tiene de padecer esta enfermedad es más alta que la probabilidad media de la población. Hay muchas compañías que ya ofrecen la posibilidad de llevar a cabo unos tests para conocer las probabilidades de sufrir una determinada enfermedad.
¿Los resultados de ENCODE nos ayudarán a dar un paso adelante en este sentido?
Hay otros proyectos que van en la dirección de obtener la secuencia del genoma de muchos individuos y correlacionar cambios en la secuencia de este genoma y cambios en las características biológicas de los organismos. Estos proyectos nos permiten establecer el vínculo entre la mutación y la enfermedad, pero como se produce este vínculo, la serie de acontecimientos biológicos que ligan la mutación del ADN, todo este camino, es lo que el proyecto ENCODE nos puede ayudar a desencallar.
Los datos de los resultados del proyecto ENCODE son de libre acceso en Internet para la comunidad científica. ¿Con qué finalidad lo han hecho?
No debería ser de otra manera, teniendo en cuenta que nuestra investigación está financiada con fondos públicos, es decir, por la sociedad. Los resultados de la investigación deberían ser de dominio público de forma casi inmediata porque son el resultado del esfuerzo de todos. Y de hecho, los grandes avances que se han producido en genómica y en biología han sido posibles sobre todo porque ha habido esa capacidad de que todos los investigadores del mundo han accedido a los datos. Esto ha acelerado el progreso de una forma extraordinaria.
¿Cómo fue que el CRG comenzara a participar en este proyecto financiado por Estados Unidos?
Nuestro grupo de investigación trabaja en genómica computacional desde hace muchos años, de hecho, desde que hice el postdoc en Estados Unidos... Allí ya empecé a trabajar en un programa, a principios de los noventa, para desarrollar métodos para analizar y predecir la secuenciación de los genomas. Era una época que había muy pocas secuencias genómicas, el principio de esta revolución tan disputada. Y desde entonces nuestra labor en este ámbito se ha ido reconociendo. Ya participamos en el proyecto del genoma humano y, después, tuvimos una participación más importante en el genoma del ratón. Una vez los institutos de la salud de los Estados Unidos reflexionaron sobre qué caminos se debían seguir después de la aportación de la secuenciación del genoma humano, uno de ellos fue el proyecto ENCODE que comenzó en 2003. Nosotros presentamos una propuesta, se aceptó y participamos en la primera y en la segunda fase —los resultados se han presentado recientemente— y ahora también sabemos que participaremos en la tercera que se iniciará a principios de diciembre.
¿ENCODE es un ejemplo de éxito de cómo debe hacerse la investigación hoy en día, en equipo y más global?
Bueno, hay muchas maneras de hacer investigación. Cierto que este es un proyecto que ha involucrado científicos de todo el mundo —más de 400— con un espíritu muy colaborativo, más que competitivo. Los científicos valoran mucho ser reconocidos por sus descubrimientos, ser los primeros, y esto lleva en algunos casos a un cierto secretismo. En el proyecto ENCODE hemos trabajado de manera que todas las ideas son de todo el consorcio, y nos ha dado buenos frutos. Pero, hay otra forma de hacer investigación en biología, individualmente, en la que los investigadores trabajan en su laboratorio y retienen sus datos hasta que no se publican. Creo que podríamos llegar a modelos en los que los datos podrían ser de acceso inmediato sin comprometer a los investigadores a ser los primeros en publicar un artículo.
¿Cuáles son los próximos pasos de ENCODE?
En las primeras reuniones de la tercera fase definiremos las líneas a seguir. Una posibilidad sería estudiar el comportamiento del genoma en todos los tipos celulares humanos (del cerebro, huesos, músculos, hígado...) ya que en el proyecto ENCODE sólo hemos estudiado un par de docenas de tipos celulares.
¿Qué financiación recibirán de la Administración norteamericana?
Alrededor de un millón de dólares.
¿Tienen previsto volver a celebrar una reunión científica en Barcelona como en julio de 2010, la cual se hizo en el marco de B·Debate (en aquellos momentos bajo la marca de Centro Internacional para el Debate Científico)?
Es un tema que evaluaremos porque pondría Barcelona en el mapa de la investigación genómica mundial, que ya lo está, ¡pero no nos podemos dormir! Más del 95% de los participantes en esta nueva fase son estadounidenses, por lo tanto, si no obtenemos recursos para financiar parte del gasto del congreso seguramente se hará en Estados Unidos... ¡Aunque que les gusta mucho venir a Barcelona!
¿Cómo es el equipo de científicos que lidera?
Pluridisciplinar: tiene estadísticos, informáticos, biólogos, físicos... es muy dinámico y tiene mucha renovación. Cada vez viene gente más joven, sobre todo de otros países, que tiene una formación intrínsecamente pluridisciplinar, es decir, que han estudiado biología e informática al mismo tiempo y que ya no son exactamente ni biólogos ni informáticos, sino bioinformáticos o biólogos y informáticos.
Un ambiente muy internacional.
Un 75% de la quincena de científicos del equipo son estrangeros, aunque últimamente ha crecido la proporción de Cataluña. Como he comentado, hay países en los que se puede hacer una formación simultánea de biología e informática, e incorporar una persona que sabe programar, que tiene experiencia en estadística y al mismo tiempo entiende los programas de biología, en proyectos que son muy competitivos, tiene prioridad respecto a un profesional a quien le debemos enseñar todo desde el inicio. No me parece mal que un porcentaje muy grande sean de fuera, porque nuestro mundo no es Cataluña, queremos atraer a los mejores y los científicos por su naturaleza tienen mucha movilidad. Es importante que los mejores estudiantes del mundo consideren nuestros centros, nuestras universidades y nuestros grupos de investigación como uno de sus objetivos equiparables, desde el punto de vista de su carrera científica, con Stanford, Cambridge, Oxford o Harvard.
Cataluña necesita bioinformáticos y usted ha reclamado en alguna ocasión que no les estamos formando.
Aunque en estos momentos nuestros grupos de investigación tienen muchos problemas económicos, si hay un tipo de perfil que estén buscando es el bioinformático. El camino en estos momentos es hacer una carrera de biología o informática y después un máster de especialización en bioinformática, un proceso un poco largo, y creo que sería positivo que hubiera la posibilidad de una formación más híbrida.
¿Con qué otros proyectos están trabajando?
La investigación de nuestro grupo es siempre entender cómo se produce la transferencia de la información desde la secuencia del ADN a la secuencia de los minoácidos de las proteínas, y todos los procesos moleculares que involucrados. Tenemos un proyecto financiado por el Consejo Europeo de Investigación (ERC, por sus siglas en inglés), que va en la misma línea del proyecto ENCODE, pero en este caso lo que queremos es ver cómo cambia el funcionamiento del genoma durante un proceso de diferenciación celular, es decir, mientras una célula es de un tipo y se convierte en otra. Es como un ENCODE dinámico. También trabajamos en dos proyectos muy interesantes que relacionan la variación del genoma y cómo ésta se manifiesta en la producción de RNA.