L'IRB Barcelona i Anaxomics, entre els millors del món en bioinformàtica per diagnosticar malalties
Han participat en una competició d'IBM Research i Philip Morris International, a Boston, basada en pronosticar i classificar pacients en un 'test a cegues' per a quatre malalties.
Redacció
Les biociències estan generant una quantitat molt gran de dades a una velocitat sense precedents, de manera que extreure informació útil i fiable de les bases de dades és cada vegada més difícil i complex. IBM Research i Philip Morris International (PMI) van llançar el maig passat el projecte Improver (Industrial Methodology for Process Verification in Research) a Boston (Estats Units) amb l’objectiu de desafiar els millors investigadors biocomputacionals d’arreu del món a demostrar la funcionalitat dels seus mètodes per explotar la informació genòmica amb finalitats predictives i clíniques, i que els resultats fossin fiables i verificables.
El primer repte plantejat per Improver, anomenat Diagnosis Signature, ha consistit en separar i classificar a grups de pacients per a quatre malalties (psoriasis, esclerosi múltiple, obstrucció pulmonar crònica i càncer de pulmó) i explotar dades genòmiques de mostres clíniques. L’equip liderat per l’IRB Barcelona i Anaxomics Biotech ha aconseguit la quarta posició mundial, en una competició on hi han participat 54 equips procedents majoritàriament d’Europa i els Estats Units. La presentació del projecte es va publicar a Nature Biotechnology.
Segons el Dr. David Rossell, cap de la Plataforma de Bioestadística i Bioinformàtica de l’IRB Barcelona, “aquests reptes internacionals són molt eficaços com a prova de concepte i per exposar al món les tècniques més avançades i eficaces per aconseguir-ho".
El mètode: incorporar informació biològica a algoritmes estadístics
Anaxomics Biotech ha aportat informació publicada sobre proteïnes involucrades en cadascuna de les patologies. El Dr. Patrick Aloy, cap del programa conjunt IRB Barcelona-BSC de biologia computacional, ha ampliat aquesta documentació biològica amb dades no publicades d’altres molècules involucrades. Després, Rossell, ha integrat la informació biològica als seus mètodes probabilístics de predicció.
"La competició afavoreix la creació d’un cos d’evidència científica fort davant la comunitat biomèdica, tant d’investigadors com de metges, i això dóna valor i aporta confiança cap a les tècniques biocomputacionals i les seves possibles aplicacions industrials”, ha comentat Aloy.
El primer repte d’Improver ha posat de relleu la capacitat predictiva de la biocomputació ja que la major part de participants ha pogut diagnosticar als pacients amb una certesa propera al 90%.
Els organitzadors plantegen donar al projecte una continuïtat de quatre anys. De moment, ja han anunciat que el segon repte es llançarà el 2013.