Científics de l’IRB Barcelona i el BSC publiquen la biblioteca més gran del món de proteïnes en moviment per a la indústria farmacèutica

Després de quatre anys intensius de càlculs al supercomputador MareNostrum del Barcelona Supercomputing Center (BSC), científics liderats per Modesto Orozco des de l’Institut de Recerca Biomèdica de Barcelona han presentat la base de dades de proteïnes en moviment més extensa del món. La nova videoteca anomenada MoDEL recull més de 1.700 proteïnes i està parcialment accessible des d’Internet per a investigadors de qualsevol país del món.

“Avui estem dissenyant els fàrmacs com si les proteïnes contra les quals han d’actuar fossin estàtiques i això és una causa molt important de fracàs en el desenvolupament de noves teràpies farmacèutiques, perquè simplement no és realista. Amb MoDEL es resol el problema perquè ofereix a l’usuari de 10.000 a 100.000 fotos per proteïna, el què els confereix moviment i permet ser més acurat en el disseny de fàrmacs”, explica Modesto Orozco. Orozco és cap de grup a l’IRB Barcelona en modelització molecular i bioinformàtica, director del programa de Ciències de la Vida del BSC i catedràtic de la Universitat de Barcelona.

Segons l’investigador, diverses empreses farmacèutiques ja estan utilitzant l’estratègia de MoDEL per desenvolupar els primers medicaments contra el càncer i malalties inflamatòries, que podrien sortir a la llum aquest mateix any.

Un projecte en creixement

Els científics que desenvolupen MoDEL treballen a partir del catàleg mundial d’estructures estàtiques de proteïnes (aproximadament 40.000) anomenat Protein Data Bank (PDB). “1.700 vídeos de proteïnes de les 40.000 que hi ha a PDB podria semblar una part reduïda, però moltes de les estructures de PDB són gairebé iguals. Per tant, segons criteris de similitud establerts internacionalment, estem representant prop del 40% de les proteïnes amb estructura coneguda”.

Però la dada més rellevant és que MoDEL està cobrint avui més d’un 30% de les proteïnes humanes que tenen un interès farmacològic, és a dir, que són la diana potencial d’un nou fàrmac. “Aquesta dada l’obtenim a través d’un test molt estricte però considerem que n’estem cobrim més. Tanmateix MoDEL seguirà creixent i ho podrem fer més ràpid perquè tenim el sistema ben establert”. L’objectiu prioritari és centrar-se ara en proteïnes rellevants en malalties humanes i en un termini d’entre dos i tres anys, cobrir el 80% de les diana de farmacèutiques.

Per dur a terme el projecte MoDEL, Orozco i el seu grup d’investigadors compten amb recursos provinents de l’IRB Barcelona, el BSC, la Fundació Marcelino Botín, la Fundació Genoma España, l’Institut Nacional de Bioinformàtica i diferents projectes europeus.

• ARTICLE DE REFERÈNCIA: MoDEL (Molecular Dynamics Extended Library): A database of atomistic molecular dynamics trajectories. Autors: Tim Meyer, Marco D'Abramo, Adam Hospital, Manuel Rueda, Carles Ferrer-Costa, Alberto Pérez, Oliver CarrilloJordi Camps, Carles Fenollosa, Dmitry Repchevsky, Josep Ll. Gelpi i Modesto Orozco. Structure (Nov. 10 print issue, 2010).